В соответствии с Уставом ГКОУ «Волгоградская школа-интернат № 2» имеет в своей структуре: учебные мастерские, библиотеку, медицинский пункт, пищеблок, интернат, спортивный зал, службу социально-психолого-педагогического сопровождения, службу безопасности, школу, консультативный пункт, службу профориентационных консультаций, ресурсный центр по организации инклюзивного дополнительного образования детей.

ГКОУ «Волгоградская школа-интернат № 2» структурными подразделениями не располагает.

Управление образовательной организацией осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.